北京时间9月21日，中国足协发布了2009赛季乙级联赛总决赛的对阵签位表。和以往几个赛季的乙级联赛总决赛签位表一样，今年的签位表总共也有十支球队参赛。除去南北区的冠亚军固定了签位外，其余几支球队都将通过抽签来决定自己的签位。
需要说明的是，在中国足协下发的签位表中，南1、南2和北1、北2对应的是南区冠亚军和北区冠亚军，而南区三四名和北区三四名以及两支大学生球队都要通过抽签来重新获得相应的签位。例如，三大康天队获得了预赛的南区第三名，那么在最后的抽签中，三大康天队可能是南3，也可能是南4和南5。
第一阶段
|
轮次 |
场序 |
对阵双方 |
场别 |
|
1 |
1 |
北2 VS 南5 |
|
|
1 |
2 |
北3 VS 南4 |
|
|
1 |
3 |
北4 VS 南3 |
|
|
1 |
4 |
北5 VS 南2 |
|
|
2 |
5 |
南5 VS 北2 |
A |
|
2 |
6 |
南4 VS 北3 |
B |
|
2 |
7 |
南3 VS 北4 |
C |
|
2 |
8 |
南2 VS 北5 |
D |
|
3 |
9 |
A VS C |
|
|
3 |
10 |
B VS D |
|
|
4 |
11 |
C VS A |
E |
|
4 |
12 |
D VS B |
F |
第二阶段
|
轮次 |
场序 |
对阵双方 |
场别 |
|
5 |
13 |
北1 VS F |
|
|
5 |
14 |
E VS 南1 |
|
|
6 |
15 |
F VS 北1 |
G |
|
6 |
16 |
南1 VS E |
H |
|
7 |
17 |
G负 VS H负 |
三四名 |
|
8 |
18 |
G胜 VS H胜 |
冠亚军 |
（不死草）
